Organisasi LP2M ISI Denpasar untuk periode tahun 2013-2017 terdiri dari :
Ketua : Dr. Drs. I Gusti Ngurah Ardana, M.Erg.
Sekretaris : I Wayan Sudana, SST., M.Hum.
dengan pusat-pusat sebagai :
- Kepala Pusat Penelitian : Drs. I Wayan Mudra, M.Sn.
- Kepala Pusat Pengabdian Kepada Masyarakat : Ida Ayu Trisnawati, SST, M.Si
- Kepala Penjamin Mutu : Drs. I Dewa Puta Merta, M.Si
- Kepala Pusat Pengembangan Pembelajaran Analisis dan Instruksional (P3AI): Dr. I Komang Sudirga, S.Sn M.Hum.
Lembaga ini juga dilengkapi dengan :
Kepala Bagian Tata Usaha : Drs. I Ketut Sudiana
Kepala Sub Bagian Program data dan Informasi : I Putu Agus Junianto, ST.
Kepala Sub Bagian Umum : I Gusti Ngurah Ardika, S.Sos
Secara umum kegiatan penelitian yang dilakukan di ISI Denpasar diarahkan untuk menjalankan fungsi pengembangan institusi termasuk di dalamnya peningkatan kualitas peneliti, menciptakan inovasi dan pengembangan seni serta penyelesaian berbagai masalah akademik maupun masyarakat.
a. Pengembangan institusi diciptakan melalui berbagai kegiatan seperti latihan penelitian bagi dosen "yunior", yang hasilnya dapat digunakan untuk pengkayaan bahan pengajaran, proses belajar mahasiswa S1, S2 dan pengembangan Iklim akademis" di perguruan tinggi.
b. Pengembangan seni dilaksanakan melalui kegiatan penelitian dosen "senior", proses belajar mahasiswa S3.
c. Penyelenggaraan penelitian yang mendukung Pembangunan Nasional dan daerah sebagai bagian dari misi pendidikan tinggi, serta membangun kerjasama melalui penelitian dengan instansi, perusahaan negara, perusahaan swasta, lembaga swasta di pusat dan daerah.
Lembaga Penelitian ISI Denpasar dipimpin oleh seorang Ketua dan dibantu oleh seorang Sekretaris yang diangkat dan diberhentikan oleh Rektor. Untuk melaksanakan tugas sehari-hari dibidang administrasi dibantu oleh Kepala Bagian Umum dengan 2 Kasubag yaitu Kepala Sub Bagian Umum dan Kepala Sub Bagian Program, Data dan Informasi. Lembaga Penelitian ISI Denpasar mengkoordinir 4 Kepala Pusat yaitu Pusat penelitian, Pusat pengabdian kepada masyarakat, Pusat Penjamin Mutu dan Pusat Pengembangan Pendidikan Analisis dan Instruksional (P3AI). Disamping itu mengkoordinir kegiatan penelitian oleh peneliti di 2 fakultas yaitu Fakultas Seni Pertunjukan dan Fakultas Seni Rupa dan Desain.
Pusat-pusat penelitian dibentuk dengan tujuan untuk mengkoordinasikan kegiatan-kegiatan penelitian multidilisiplin yang tidak bisa dinaungi oleh Fakultas maupun program studi.